ดูหนังใหม่ของภาค 26 ของ “ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน เดอะมูฟวี่,” อาคาร “ทุ่นแปซิฟิก” ถูกสร้างใต้ทะเลที่ตั้งอยู่ในอ่าวของเกาะฮะจิโจของโตเกียว เพื่อเชื่อมต่อกล้องวงจรปิดของตำรวจทั่วโลก. วิศวกรจากทั่วโลกรวมตัวกันที่นั่นเพื่อเชื่อมต่อเน็ตเวิร์กในความควบคุมของยูโรโพล (องค์กรตำรวจยุโรป) เพื่อให้ใช้งานจริง นอกจากนี้ยังดำเนินการทดสอบ “เทคโนโลยีใหม่” ที่จะถูกนำไปประยุกต์ใช้ในระบบยืนยันใบหน้า.
ในทางตรงกันข้าม, แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับเชิญมาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ. โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกฆ่าที่เยอรมนี. โคนันรู้สึกไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสาร แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร, และเกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาไปในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอที่บันทึกข้อมูลบางอย่างยังอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร… เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเลและแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ…
เมื่อกล่องดำที่ไม่ควรแตะต้องเปิดออก, อดีตที่ถูกผนึกไว้ก็ลอยขึ้นมาบนผิวน้ำ.
